研究所課程中，必修科目為「海洋生物技術特論」及「專題討論」，訓練並要求學生閱讀英文論文、整理資料及簡報能力；必選修科目為「生物科技研究方法」、「分子生物學特論」，以加強學生專業學識。另外，開設多種選修課程，學生可依個人研究課題或畢業求職所需來選擇修讀，並開設全英語課程，加強訓練學生英語能力。
| 類別 | 下載 |
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| 112學年度入學課程結構規劃表 |
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| 111學年度入學課程結構規劃表 |
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| 110學年度入學課程結構規劃表 |
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| 109學年度入學課程結構規劃表 |
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| 108學年度入學課程結構規劃表 |
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| 107學年度入學課程結構規劃表 |
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| 研究生適用課程表(106入學適用) |
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| 研究生適用課程表(105入學適用) |
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| 項目 | 時間 | 辦理事項 | 表單 |
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| 研究所報到 | 榜單公布、 教務處通知後 | 至教務處及系辦公室報到 與系上教師晤談 | 指導教授選擇意願書 |
| 確定指導教授 |
一年級第1學期 第18週 (1月) |
繳交指導研究生同意書至系辦 | 指導研究生同意書 |
| 提出論文計畫書 |
二年級第1學期 9月30日前 |
於一年級結束後，完成文獻蒐尋及閱讀，分析已獲得數據，構思論文主題及架構，提交指導教授討論。 |
教務處網頁： 碩士論文計劃書 |
| 提出論文口試申請 | 口試日期一個月以前 | 1.申請書須經系務會議審查通過，公文流程至院、教務處及校長，因此必須預留時間。 2.製作口試委員聘書。 |
1.論文考試申請書 2.論文題目一覽表 3.初審考核證明 |
| 論文公開演講 | 口試日期前一個月內 | 論文演講以電子郵件公告全校 | 論文演講公告 |
| 論文口試 |
上學期：11/1~1/31 下學期：5/1~7/31 |
論文口試 |
1.論文口試評分表 2.考試結果通知書 (一式2份) 3.學位論文考試審定書 4.口試委員領據 |
| 繳交論文、 完成離校手續 | 下一學期開學前完成 | 1.電子全文檔案上傳。 (先向系辦申請帳號、密碼，再到學校「博碩士論文系統」完成建檔) 2.辦理離校手續。 |
1.「博碩士論文系統」連結 2.離校手續單 |
研究生論文口試申請、論文格式規定及相關表格下載，請依教務處規定辦理。
連結網頁：http://acad2.nkmu.edu.tw/nkmu_ad/?prog=4&b_id=5&m_id=102&s_id=122
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